刺尾巨蜥是一个体型中等大小的巨蜥，总长度在60-70厘米。头部以暗褐为底色，并布有黄色或乳白色斑点，可延伸至颈部而形成接续的直纹。暗褐色背部布满由无数的小到中型浅棕色和黄色的眼状斑点，在眼状斑纹的中央位置上，覆有1～2枚暗褐色鳞片。背部的纲目上，带有黄色或乳白色斑点。鼻孔浑圆，位于眼睛至吻部间之中央，开口朝向侧方。尾部的鳞片具有棘状突起。具附肢2对，具外耳孔，鼓膜位于表面，眼具活动的眼睑和瞬膜(第3眼睑)。舌发达，扁平而富肌肉。下颌骨左右两半靠骨缝牢固相联，口的张大有限。体内有前肢带和胸骨，肾脏后伸，甚至超过泄殖肛腔的水平，两侧对称排列。全身都有布满了较小而突起的圆粒状鳞，成体背面鳞片黑色，部分鳞片杂有淡黄色斑，腹面淡黄或灰白色，散有少数黑点，鳞片为长方形，呈横排。幼体背面黑色，腹面黄白色，两侧有黑白相间的环纹。四肢粗壮，指(趾)上具有锐利的爪。尾侧扁如带状，很像一把长剑，尾背鳞片排成二行矮嵴，有肛门前窝一对。